Para solucionar el problema de las Quotas en WHM/cPanel, realizar el siguiente cambio:

Editar el archivo fstab, ubicado en /etc/fstab

Código para editar fstab: sudo nano /etc/fstab

/dev/md3 /home ext4 defaults,usrquota 1 2

Guardar: CTRL + O
Cerrar: CTRL + X

Una vez realizado este cambio, remontar con el siguiente comando:

mount -o remount /home

 

Fuente: https://documentation.cpanel.net/display/CKB/How+to+Fix+Quotas